Poursuivi par la justice burkinabé pour, entre autres, « attentat contre la sûreté de l’État » et soupçonné d’avoir soutenu le coup d’État manqué du 17 septembre 2015 mené par le général Gilbert Diendéré, Djibril Bassolé a saisit le groupe de travail de l'ONU pour détentions arbitraires
« Nous considérons que c’est nécessaire car la justice burkinabè ne fonctionne pas normalement », explique Me Varaud l'avocat du chef de la diplomatie de Blaise Compaoré. « Pour qu’il ne se présente pas à l’élection présidentielle, on a cherché des preuves d’une infraction pour le mettre en détention. La justice fait les choses à l’envers. C’est un prisonnier politique qui est là pour faire un exemple et pour solidifier un pouvoir politique naissant », ajoute encore l’avocat.
Détenu depuis le 6 octobre 2015 à la Maison d’arrêt et de correction des armées de Ouagadougou, Djibrill Bassolé attend actuellement son procès, qui pourrait se tenir avant la fin de l’année, selon le vœu émis par le président Roch Marc Christian Kaboré. Le 12 août 2016, la Cour de cassation avait rejeté la requête de mise en liberté provisoire de l’ancien ministre.
Pendant ce temps au Burkina las d'attendre le jugement de Djibril Bassolé les populations marchent pour demander sa libération. En effet à Nouna, Chef-lieu de la province de la Kossi, le samedi 17 septembre 2016, la population est descendue dans la rue pour manifester son soutien au Général Djibrill Bassolé inculpé et incarcéré dans le cadre du putsch de septembre 2015. Devant le secrétaire général de la province, les manifestants ont exigé la liberté sans condition de leur « fils », à défaut, ils ont demandé qu’il soit jugé « immédiatement ».